Кафедра эпидемиологии была организована в августе 1943 г. приказом по Иркутскому медицинскому институту. Первым заведующим кафедрой был избран доцент Михаил Иванович Гамов, который проработал в этой должности до1956 г. и приложил много усилий для создания материальной базы и формирования преподавательского состава. До образования самостоятельной кафедры основы эпидемиологии, начиная с1920 г., преподавали на кафедрах микробиологии и инфекционных болезней выдающиеся ученые - профессора О.И. Бронштейн, Н.И. Клодницкий, А.М.Скородумов. Эти профессора стояли у истоков первых научно-исследовательских учреждений эпидемиологического профиля в Иркутске. В1930 г. был образован санитарно-гигиенический факультет. Для студентов этого факультета курс эпидемиологии читал доцент кафедры социальной гигиены Н.М.Кононов. Первый выпуск врачей-эпидемиологов (44 человека) состоялся в 1935 году. В последующем в связи с закрытием факультета чтение лекций по общей и частной эпидемиологии было возобновлено только в 1942 году доцентом Т.А.Ларионовой.

 После смерти первого заведующего кафедрой эпидемиологии М.И. Гамова, кафедру возглавляли доценты В.Л. Портных (1956-1958 гг.), А.Ф. Секулович (1958-1984 гг.), Е.Г. Кирдей (1985-1987 гг.), В.И. Лебедев (1988-1994 гг.), Н.И. Владимиров (1994-2001 гг.), профессора Е.Д. Савилов (2001-2002 гг.) и А.Д. Ботвинкин (с2002 г. по настоящее время). Особенно хотелось бы отметить Анну Филипповну Секулович, проработавшую на кафедре более 50 лет, в том числе 26 лет в должности заведующей. В течение многих лет трудились на кафедре и внесли значительный вклад в подготовку врачей-эпидемиологов Н.И. Помочева, Т.Е. Клюско, Г.Я Ценева, Т.И. Истомина, Л.Б. Шоноева, М.В.Чеснокова, Н.А.Лысенко, И.Б. Петрила, Т.С. Прокопчук. В настоящее время на кафедре работают д.м.н., доцент Н.И.Владимиров, доценты, к.м.н. Н.Ю. Куприянова, О.Н. Яковенко, ассистенты Т.А. Баянова и Т.В.Семенова.

На протяжении всей истории своего существования кафедра работала в тесном контакте с научно-исследовательскими учреждениями эпидемиологического профиля - Иркутским НИИ эпидемиологии и микробиологии и Иркутским научно-исследовательским противочумным институтом Сибири и Дальнего Востока, что способствовало повышению профессионального уровня преподавателей. Очень большое влияние на формирование кадрового состава кафедры оказала Ленинградская школа эпидемиологов - многие сотрудники кафедры обучались в аспирантуре в Ленинградском санитарно-гигиеническом медицинском институте (А.Ф. Секулович, Т.Е. Клюско, Н.И. Помочева, Г.Я. Ценева, Н.И. Владимиров, Н.А.Лысенко, И.Б. Петрила, М.В.Чеснокова) и защитили там диссертации. К обучению студентов привлекались опытные специалисты-эпидемиологи практического здравоохранения - Ю.И. Лысанов, Л.И. Инютина, Д.Ф. Савиных. В свою очередь, сотрудники кафедры участвовали в расследовании эпидемических вспышек и научно-практической работе. Плодотворное сотрудничество осуществляется по линии научного общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов: М.И. Гамов был первым председателем Иркутского отделения этого общества, в 1970-е годы на этом посту работала А.Ф. Секулович, в настоящее время председателем избран А.Д. Ботвинкин.

Научные исследования сотрудников кафедры были посвящены разнообразным проблемам краевой инфекционной патологии: эпидемиологии природно-очаговых инфекций, кори, дифтерии, внутрибольничных и кишечных инфекций, лямблиоза и биогельминтозов. Систематически на протяжении многих лет проводились исследования по госпитальной эпидемиологии. Специалистом в этой области был В.М.Портных, в последующие годы в рамках этого направления на кафедре выполнено пять кандидатских и докторская диссертация Н.И.Владимирова. В 1980-е годы выполнен цикл экспедиционных паразитологических исследований. В последние годы, не оставляя традиционной тематики, сотрудники кафедры занимаются изучением эпидемиологии широко распространенных неинфекционных болезней, вторичных и сопутствующих заболеваний на фоне ВИЧ-инфекции.

В связи с расширением предметной области эпидемиологии изменялись и задачи кафедры. В настоящее время на кафедре эпидемиологии ежегодно обучается более тысячи студентов шести факультетов университета. Кафедра имеет право на подготовку аспирантов и ординаторов специальности - эпидемиология; проводит обучение врачей-эпидемиологов и средних медицинских работников санитарно-эпидемиологической службы и лечебно-профилактических учреждений на курсах усовершенствования и повышения квалификации.